Esta classificação deveu-se ao interesse botânico e faunístico, nomeadamente ornitológico (i.e. de aves) e ictiológico (i.e. de peixes), deste vasto plano de água. A razão desta classificação, deve-se também à necessidade de proteger o estuário de várias fontes de poluição, sendo absolutamente necessário tomar medidas no sentido de não comprometer irreversivelmente as suas incontestáveis potencialidades biológicas.
Com a criação da RNES foi, simultaneamente, criada, dentro dos seus limites, a Reserva Botânica das Dunas de Tróia.
A Reserva Natural do Estuário do Sado que tem registadas 261 espécies de vertebrados, constitui também um "viveiro" ou zona de crescimento, para inúmeras espécies de peixes. O estuário do Sado encontra-se entre as três principais zonas húmidas portuguesas com importância para as aves aquáticas (anatídeos, galeirões e limícolas), tendo-se mesmo verificado um gradual crescimento da comunidade das aves aquáticas.
A RNES abrange o essencial do estuário do Sado e estende-se por territórios pertencentes aos concelhos de Alcácer do Sal, Grândola, Palmela e Setúbal.
