As Lagoas de Santo André e da Sancha possuem um conjunto de ecossistemas litorais e sublitorais, incluíndo, sistemas lagunares. Marginando ambas as lagoas, ocorre um conjunto diversificado de ecossistemas aquáticos e ribeirinhos influenciados, em maior ou menor grau, pelas águas doces e salobras. Nas motivações para a classificação destas áreas conta-se a necessidade de promover a conservação do elevado valor ecológico destas duas zonas húmidas e das suas áreas envolventes, o facto de serem áreas importantes para a reprodução, invernada e migração de aves, assim como a necessidade da proteger o complexo dunar, aliado à faixa marinha, onde se encontra uma fauna característica. A flora e vegetação da Reserva constituem alguns dos seus elementos mais importantes em termos de valores naturais, e de elevada importância biológica.
A Reserva Natural das Lagoas de Santo André e da Sancha (RNLSAS) estende-se ao longo de 15 km do litoral, abrangendo uma faixa terrestre de largura variável de 2 a 3 km e uma faixa marítima com 1,5 km de largura.
